どうしたら認知度の低いけど、いい企業を知ることができますか？

業界を絞り込むのがまずは最優先かと
飲食、鉄鋼、ITなどなんでもいいのですが、幅広く都合の良い会社を探すというのはさすがに多岐に渡る業界研究を進めるには時間が足りません。

業界を絞って、特定の超有名企業のサイトや四季報から取引先企業を洗い出して、そこを調べて、またそこの取引先企業を調べて…ということの繰り返しが実地調査もせず自宅内でできる一番楽な方法かと。

あとはいい会社という条件ですね。
例えば、財閥系でも誰もしらないような会社はあります。そこは財閥系と同等の福利厚生でありながら、財閥系各社から仕事を取っているので、まぁ安定的にぬるいので労働者としては楽かもしれませんが、財閥グループ内では閑職扱いだったりします。
果たしてそれは「いい会社」と言えるかどうかは人それぞれです。

小さな会社を経営しております。プログラマーです。

採用面と商品ではなく、営業面での活動を見ればいいのですよね。いろいろありますが・・

各業界は毎年1回から4回ぐらい東京ビッグサイトで、Japan IT Week、ギフトショー、リテールテック、外食ビジネスウィーク・・なんていう大きな展示会・見本市を開催してて、サイトから登録すればだいたい無料で見られます。
そこは、採用目的ではなく営業目的です。会社として今何を売ろうとしているのか、業界として話題は何で、何の問題を解決するとお金になると思っているのか？がわかります。そこで売ろうとしている人たちは採用面接には来ないですが、商品を研究開発している会社のエンジンみたいな人たちです。特に、お金の安い会場の端のほうは、お望みの無名でこれからがんばりたい企業が集まっています。

「財務諸表を見て、御社のこの数年の業績は・・」と大人ぶっていうのと「このあいだビッグサイトで御社のこんな商品をみてすごいと思いました」と小学生並みの感想をいうのと、どっちがいいかは、会社によるでしょうけど、前者で面接の間会話を維持するのは難しいような気がします。

何を持っていい企業とするかは分かりませんが、一定の基準を満たしてるという理由で、上場企業を上から調べていってはいかがでしょう。

上場企業と言えど知らない会社も多いのでは？