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中小企業が資本金1億円以上にするメリットと言えば、税務署管轄から国税庁管轄へと変わるというとこでしょう。国税庁管轄になると、資本金1億円ギリギリの会社などは零細企業ですので税務調査が少なくなります。 また、中小企業のまま会社を経営するのであれば、国税的にも地方税的にも均等割が安くなったりするので、資本金1億未満は多いにメリットがあると言えます。 その他、資本金に関してはメリットもデメリットもあまりない気がします。法律上、規制が掛かるかどうかの差だと思います。 因みに、大企業を目指している会社であれば、1億円以下は中小企業扱いとされてしまうので、資本金を1億円以上にしておく必要があります。