Web広告運用とカスタマーエンジニアorシステム開発ならどれが将来性やスキルが身につきますか？

全然違う職種すぎますね。 自分がどういう将来像を描いているかによって、将来性も意味合いも変わります。 また、職種と業種が混ざっているようにも思うので、比較も難しいです。 例えば、Web広告運用というのは業種であり、広告そのものを運用する担当なのか、営業担当なのか、運用から顧客まで担当するコンサルタントなのか、どういった広告を運用するかで全然違います。 広告運用を業種という意味で考えた場合、ありきたりで会社が溢れかえっているので、淘汰が激しい世界ですね。