就きたいと思っている職種が学部で学んでいる内容とは少し離れています。（応用、活用はできますが）この場合、面接やESでそれなりの理由がなければ直結している学部の人達よりも不利ですか？

小さな会社を経営しております。プログラマーです。学部の内容がそのまま使える職種の場合、通常、推薦ですよね。面接をしてるなら、そもそもそれ以外で採用する気があるわけですので、学部の違いでの多少の有利不利など気にしても仕方がないかと思います。私の会社にはインターンで情報系の院生・・学部で見ればどまんなかの人たちが来てますけど、学校での知識はそれほど仕事とは関係ないかもしれないです。プログラミングに限っても、学校ではチーム開発をしないみたいですし、gitなどの普通に使うツールもあまり使わないみたいですし・・ただ、実際仕事をする上では、やっぱり仕事に直結する知識はあれば使えますので、学部とは関係なく関連する勉強はしておいたほうがいいとは思います。

一般論で言うと、不利でしょう。しかし特殊な仕事以外は学校で学ぶことがそのまま仕事に生きるとは限らず、就職後学ぶことが多いかと思います。就活は相手先の企業があなたを採用する価値を感じれば採用されます。だから、会社の人に直接聞いてみたり、親族や学校のobからコネを作ったりして、熱意を伝えて、自分を売り込んで行くことも良いかと思います。

それはそうですよ。大学で学んだ知識をそのまま会社で活かせる方が良いに決まっているので。ただ、不利というだけで、無理ではありません。特に新卒は。

研究職のようなある程度の即戦力採用であれば不利になります。全くの未経験を入れてもついていけないでしょうから。普通の事務系総合職みたいなのであればそもそも大学の学習成果なんて見てませんので、問題ありません。

大学の学部と直結してなくても新卒の場合はたいして関係ないかと思います。大学で学んだ知識を応用活用するのが社会人です。それに入社後に学部と関係ない部署になることも多いかと。新卒のアピールはよっぽど凄い経験をしている、能力があるのでなければ横並び。新卒には社内に新たな風を吹かせる熱意とやる気が欲しいですね。