年収が900万で残業時間が40時間の企業と年収が800万で残業時間が5時間の会社ならどちらが良いと思いますか？

可能であれば、月給と賞与の割合、福利厚生（住宅補助、扶養手当など）、退職金などを総合的に判断した方が良いです。待遇の比較の際においては。 月給が高く、賞与の割合が低い場合、残業代の単価（1時間当たりの残業代）は高くなります。月給が低く、賞与の割合が高い場合、残業代の単価は安くなり、また業績が悪いと賞与がかなり減ります。月給が高い方が同じ時間残業しても残業代は増えます。しかし、管理職になったら残業代は無くなり、管理職手当を固定額でもらう会社がほとんどです。 以上より、ご自身の入社時のランクや生涯勤める予定かなども検討の上、決めると良いと思います。 個人的には残業が少なくて800万円の方が好きですが。

給与の細かいところをみて判断ですかね。 私ならみなし残業での残業代有無をみます。

そもそもあくまで平均なので、参考程度で良いのではないでしょうか。その数字だけで良し悪しや選択をすべきでないと思います。

私なら絶対に800万の企業を選びます。900万だと社会保険料を引かれて手取りは800万と大差ないのでコストパフォーマンスの良い800万を選択します。