社会人二年目ですが、円満に退職する秘訣は何ですか？

就業規則に退職手続きに関する記載があるはずです。「3ヶ月前には手続きすること」なんて場合もありますよ（民法上は2週間前で良いのですが）。とはいえ、普通は直属の上司に退職の意思を表明するところからでしょう。時間をもらって個室等で話せばよいのでは。

＞また、お世話になった恩義も感じており、出来るだけ遺恨の残らない形で伝えたいのですが何かアドバイスをいただけますか。
お気持ちは分かりますが、会社側としては、採用や人材育成にかかったコストを回収できないうちに辞められてしまうわけですから、あんまりこういうことを考えない方が良いと思いますよ。単に、文句すら言われたくないという甘えであり、身勝手すぎますからね。せいぜい、申し訳ない気持ちは持ちつつ、どうしてもやりたい道に進みたいという強い意思を示すくらいでしょう。批判にさらされくらいの覚悟をしておくくらいで丁度良いのでは。

トラブルの元になりますから退職理由は「一身上の都合」で「これからはまだ決まってません」といった感じで、その先のことは決して言わないようにしたほうがいいかと思います。