上司から今まで何してたの？といわれました。私はちゃんと仕事をしていると思ったのですがそれは思い込みだったのでしょうか？どうとらえればいいですか？

…突然聞かれたんですか？ならばバカ正直に「朝6時に起きて朝ご飯と準備をして6:40の電車に乗って8:30に事務所に到着して仕事をして 12:00から13:00にお昼休憩を頂き、休憩から戻って仕事をしておりました。どうかなさいましたか？」と目をぱちくりとして回答されては如何でしょうか。恐らくですが、何か頼まれごとをされていて、そろそろ終わるかな、というタイミングで声をかけられたのに期待以上に終わっていなかった、という状況だったのではないか、と思うのですがその場合でしたら手こずってしまったポイントをお話して対応のアドバイスを頂いたらいいと思います。報告、連絡、相談をしてほしかったのではないかと思いますがいかがでしょうか。ご参考までに^^

文脈次第ですが、「上司から今まで何してたの？」と聞かれているということは、少なくとも上司はあなたの仕事を把握していないということです。ただ、この文脈ではそこに非難の意味が含まれているかはわかりません。上司は非難の意味を込めて「上司から今まで何してたの？」と聞いてきたのでしょうか。そうであればその誤解を解く必要があります。これこれこのようなことをしていました。何か誤解を受けるようなことがあったでしょうか、と会話するのが良いと思います。一方で、非難の意味が込められているかわからないのであれば、まず相手の意図を確認するのが良いと思います。淡々と最近のタスクはこれこれで、本日はこの作業をしています、と客観的な事実だけを述べて、そのと後一言、何か気になることがありましたでしょうか？と聞けば会話のきっかけは作れるでしょう。もちろん上司のキャラクターや会社の文化などを総合的に考えないと適切な回答はできません。どちらかというと、上司や会社文化をよく知る同僚などに相談することをお勧めします。

上司の期待するレベルの仕事じゃなかったと捉えるのが普通でしょうね。謙虚に上司の期待するレベルを聞いた方が今後のためになるかもしれません。

この一文だけ切り抜かれてもコメントしようがないです。

この一文だけではわからないのは間違いないのですが笑ちゃんとした仕事というのは、誰目線なのかでもとめるものが変わるかと思います。通常の作業ベースであっても、部署や会社をまたいで考えたとしても、前段で作業している人、後段で作業する人がいるかと思います。上司は他部署との調整なども含めて見る立場であれば、前段、後段の仕事についても意識したり、スムーズに進められるような何かをしたりという部分まで求めているのかもしれません。